Йода и Оби-Ван Кеноби — одни из немногих джедаев, переживших Приказ 66. Вернувшись на Корусант, они быстро узнали ужасную правду о том, что Энакин Скайуокер перешел на тёмную сторону, а канцлер Палпатин стал повелителем ситхов.
Последний тайно организовал Войны клонов, аккуратно узурпировав власть во всей Республике. Последние мастера-джедаи разделили силы: Оби-Ван полетел на Мустафар, чтобы противостоять Энакину, а Йода отправился к Дарту Сидиусу.
Распространено мнение, что Палпатин (считавший себя величайшим из лордов Ситхов) был даже сильнее Йоды. Но на деле это скорее особенность художественных приёмов Лукаса — при ближайшем рассмотрении оказывается, что эти двое гораздо более равны, чем принято считать.
Палпатин явно ненавидит магистра Йоду за то, что он не находится в его подчинении. Но он его не недооценивает — он знал, что по количеству мидихлорианов Йода уступает только Энакину Скайуокеру, а Великий магистр джедаев, без сомнения, за свою долгую жизнь научился бесчисленным трюкам и приемам.
Показательно, что Палпатин пытается бежать только тогда, когда Йода демонстрирует способность поглощать Силовые молнии. Именно тогда он внезапно столкнулся с правдой о том, что миниатюрный Великий магистр джедаев может сравниться с ним в некоторых из его величайших трюков.
Однако Палпатин не был побежден. Ему хватило мудрости перенести битву в зал Сената, где у него было преимущество. Несомненно, он годами обдумывал, как использовать Сенат в качестве оружия, в то время как Йода никогда бы и не подумал об этом.
Затем Палпатин быстро сменил агрессивную тактику, постоянно испытывая мощь Йоды в Силе. В конце концов, Палпатин побеждает просто потому, что взрыв энергии Силы отправляет Йоду на первый этаж Сената, и он получает слишком много ранений.
Может даже показаться, что Йода дал Дарту Сидиусу шанс на успех. Но на деле магистр Силы понял, что у него просто нет сил, чтобы победить врага — и решил не испытывать судьбу.