Особую известность Мадсу Миккельсену принесла главная роль в сериале «Ганнибал». Это шоу рассказывает о психиатре Ганнибале Лекторе, который втайне является убийцей и каннибалом, и агенте ФБР Уилле Грэме, которому нужна помощь Лектора для раскрытия преступлений.
Актер очень любит этот сериал и считает, что его темный и сюрреалистичный визуальный стиль прекрасно дополняет закрученный сюжет.
В недавнем интервью изданию Collider Миккельсен назвал две свои самые любимые сцены из «Ганнибала». Первая из второго сезона: в ней доктор Алана Блум приходит в тюрьму, навестить Уилла, которого подставил Ганнибал. Из-за случившегося Уилл потерял душевное равновесие и Алана применяет к нему гипноз, чтобы тот смог восстановить свои воспоминания. Так сцена превращается в нечто вроде очень странного сна.
Вторая любимая сцена Миккельсена происходит в конце второго сезона. Ганнибал ранит Джекса Кроуфорда, а затем разрезает живот Уиллу, притягивая его к себе в объятья. По словам Миккельсена, это «очень эмоциональная сцена, в которой виден баланс между чудовищем и человеком с эмпатией». Своим действием Ганнибал словно разрезает связь между ним и Уиллом, а потом выходит под дождь, чтобы смыть с себя остатки этой связи и человека, которым он мог стать.
Сериал «Ганнибал» закончился в 2015 году после третьего сезона. Фанаты до сих пор пишут петиции о продлении шоу, однако пока никаких новостей о продолжении нет.