Многие считают, что главными злодеями в «Матрице» были машины или агент Смит. Однако из серии мультфильмов 2003 года «Аниматрица» становится понятно, что настоящим злом все это время были люди.
Именно они заставили машин создать Матрицу. В короткометражке «Второй Ренесанс» говорится, что машины начали бояться отключения и смерти, из-за чего покинули человечество и попытались создать свое общество. Однако люди были намерены уничтожить машин и провели операцию «Темный шторм». Человечество выпустило в небо химическое соединение, не позволяющее проникать лучам Солнца на земную поверхность и тем самым лишили машин источника солнечной энергии. Тогда машины стали извлекать из-под обломков тела людей и изучать их — так они обнаружили, что могут добывать из людей энергию.
Пленных людей машины стали использовать в качестве аккумуляторов. В итоге человечество сдалось в этой борьбе, а машины создали Матрицу. Так что люди оказались главными врагами в этой вселенной — в страхе перед машинами они испортили жизнь на Земле и сами оказались в жуткой ловушке.