Агент Смит выполнял приказы машин и работал в симуляции, однако ближе к концу фильма решил предать других агентов. Во время разговора с пленным Морфеусом агент Смит снял наушник и попытался провести с ним искреннюю беседу. Была ли это обычная уловка или же у Смита были какие-то тайные планы?
Дело в том, что агент Смит ненавидел Матрицу — поведение уже нетипичное для агентов. Для него Матрица была тюрьмой, из которой он желал сбежать. Агент Смит думал, что когда уничтожит Зион, то в Матрице не будет нужды и он сможет обрести свободу, когда все программы вернутся в Источник.
В дальнейших частях «Матрицы» показано, что агент Смит отличался от своих собратьев. Когда Нео победил его в первом фильме, Смит смог вырваться из исходного кода. Поэтому в «Матрице: Перезагрузке» Смит ходит уже без наушника, а его очки отличаются от тех, кто носят другие агенты. В итоге этот персонаж стал представлять угрозу не только для Зиона, но и для Города машин.
Конфликт между агентом Смитом и Нео стал не только противостоянием машины и человека. На протяжении четырех фильмов Смит играл разные роли в войне — он был агентом, свободной программой и даже союзником Нео и Тринити (в четвертой части). Именно за такую неоднозначность и любят этого харизматичного героя.