Третья часть франшизы «Матрица» была выпущена в ноябре 2003 года, всего через несколько месяцев после «Перезагрузки». В последнем фильме трилогии Нео был на пике своей силы. В нём же он вступил в одну из самых знаковых битв со своим антиподом, мистером Смитом:
Агент Смит обрел силу, которая была практически равна силе Нео. Подобная схватка могла закончиться лишь одним путём — смертью обоих сражающихся.
На смерть Нео намекалось на протяжении всей трилогии, но подтвердилась она только во время его встречи с создателем Матрицы, Архитектором. Он называет Избранного аномалией и рассказывает, что герой — шестая итерация, чья функция заключается в стабилизации Матрицы.
В отличие от своих предшественников, увлечённость Нео одним человеком (Тринити), а не всем человечеством, нарушает цикл основных двух вариантов, предоставляемых аномалии. В конечном счете, отношения Нео с Тринити оказались необычайно сильной мотивацией, что и привело героев к финальной конфронтации с машинами в их городе:
Перемирие с машинами позволяет спасти Зион и выполнить свой долг как Единственного — реинтегрироваться в Матрицу и стабилизировать ее. Хоть это и гарантирует смерть Нео.
Несмотря на обладание необычными способностями, аномалия — это программа, а все программы имеют первичные функции. Нео способен разорвать цикл, став первой итерацией, которая прикрепилась к другому человеку вместо того, чтобы выбрать все человечество.
В отличие от своих предшественников, он смог вызвать к жизни третий вариант, который спас как Зион, так и Матрицу. Такой исход затрагивает даже машины, которые начинают проявлять некоторую свободу воли — что является для них несколько чуждым понятием. Смерть Нео приводит к полной перезагрузке Матрицы и завершает цикл, ведущий к созданию Избранного.