Во время схватки с агентом Смитом Нео обнаруживает, что может «видеть» вредоносную программу в ее истинном виде, даже будучи сильно ослепленным. Эта способность распространяется на всё, с чем соприкасается мир машин, и позволяет Нео уничтожать их, используя только свой разум и силу мысли.
Первый «взгляд» Нео на огромный Город Машин — это золотая утопия, залитая светом. Это изображение сильно отличается от той темно-синей реальности, которую видела Тринити. Такая способность делает Нео серьезной угрозой для машин, поскольку связывает его с Источником — программой, лежащей в основе всей цивилизации машин и самой Матрицы.
Когда агент Смит одерживает верх и побеждает Нео, Избранный быстро восстанавливает свою власть не только над Матрицей, но и над самим Смитом, нанося ему серию ударов, которые практически уничтожают злодея. Однако, выбравшись из-под обломков, Смит, разгневанный неповиновением Нео, возобновляет атаку.
Интересно, что по мере приближения конфликта к неизбежной развязке Нео приходит к решению. В тот момент, когда агент Смит поднимает Нео, есть короткий момент, когда Нео одновременно отпускает руки агента Смита и вытягивает свою руку вперед, чтобы позволить агенту нанести решающий удар.
Хотя силы агента Смита и Нео практически одинаковы, эта маленькая деталь показывает, что Нео уже не борется за победу, а фактически позволяет себе проиграть, меняя контекст победы Смита в «Революции». Сделав этот очевидный выбор, он открывает свою истинную власть над Смитом и реализует предназначение Нео как Избранного.
Истинная сила Нео — это способность выбирать, и именно в последнем фильме оригинальной трилогии он делает свой самый важный выбор.